مخزن پاکسازی عمدتاً از منطقه رسوب تنظیم شده، منطقه کمبود اکسیژن، منطقه هاروکسین، منطقه خروجی آب تشکیل شده است که در آن منطقه کمبود اکسیژن و منطقه هاروکسین پر کننده بسته بندی می شود و میکروب های عملکردی به بسته بندی متصل می شوند.(1) تنظیم منطقه رسوب می تواند نقش تنظیم نوسانات آب را ایفا کند و از طریق جلوگیری و رسوب، زباله ها و مواد معلق را حذف کند؛
(2) مناطق کمبود اکسیژن می توانند مواد ارگانیک را حذف کنند و از طریق دینیتریزاسیون نیتروژن را حذف کنند؛
(3) حذف بیشتر مواد ارگانیک از منطقه هاروکسین، حذف آمونیاک و نیتروژن از طریق نیتریزاسیون و غیره؛
(4) ضدعفونی کلر در مناطق خروجی.